Estella-Lizarra se sitúa al suroeste de la Comunidad Foral de Navarra, entre importantes capitales como Pamplona, Logroño, San Sebastián o Vitoria, a pocos kilómetros de todas ellas y con buenas comunicaciones por carretera. La ciudad conecta con Pamplona y Logroño por la Autovía del Camino (A-12), uniendo Estella con ambas ciudades en no más de 30 minutos. Además, existe una línea de autobús con varias conexiones diarias que posibilita llegar a Pamplona y Logroño en 50 minutos aproximadamente.
Utilizando la N-120 se accede directamente a San Sebastián (Guipúzcoa), pudiendo asimismo hacerlo vía Pamplona por la Autovía del Camino (A-12) y posteriormente por la A-15 de forma más rápida y cómoda que la primera opción.
Desde Estella también se puede llegar a San Sebastián en autobús, con la línea Logroño-San Sebastián-Irún.
También hay autobús a Madrid a partir de la línea Pamplona-Logroño-Madrid. De Estella hacia la capital salen dos buses diarios, uno por la mañana y otro a media tarde. A la inversa, de Madrid hacia Estella encontramos dos autobuses.
Utilizando la N-132-A se accede directamente a Vitoria (Álava), pudiendo asimismo hacerlo vía Logroño por la Autovía del Camino, aunque en este caso dando un importante rodeo.
También exite una línea de autobús que enlaza la ciudad del Ega con la capital alavesa.
Para llegar a la ciudad en avión los aeropuertos más cercanos serían el de Noáin-Pamplona y los de las capitales de las provincias limítrofes.
Las estaciones de tren más próximas, que conectan con la red nacional de ferrocarril, son lasde Pamplona y Tafalla (a unos 30 minutos por carretera de Estella-Lizarra).